Миколаївська церква-усипальниця М.І. Пирогова є складовою частиною Національного музею-садиби.

Після смерті Н.І Пирогова (5 грудня 1881 роки) тіло вченого було набальзамовано петербурзьким лікарем Д.І. Виводцевим.

Для подальшого збереження останків покійного, його сім’єю був побудований склеп, на спеціально придбаному вдовою Олександрою Антонівною ділянці сільського кладовища.

Спочатку над склепом побудували тимчасову каплицю, а незабаром А.А. Пирогова звернулася до єпископу Подільському та Брацлавському за дозволом на будівництво церкви над склепом. Такий дозвіл вона отримала.

Взимку 1882 року в урочистій обстановці відбулася закладка храму, будівництво якого проводилося за проектом київського академіка архітектури В.І. Сичугова.

Храм побудований над усипальницею вченого в 1885 році і освячений на честь святителя Миколая Чудотворця, який вважається одним з найбільших і шанованих святих.